הישיבה מחנכת את תלמידיה לאור תורתו של הרב קוק ובנו הרב צבי יהודה, ובראשם הקשר והחיבור של עם ישראל לארץ ישראל ולתורת ישראל. כמו כן, הישיבה מצהירה על קו חינוכי של גדלות בכל תחומי החיים מתוך תודעת שליחות לעם ישראל. הישיבה מדגישה באופן יחסי את לימוד הבקיאות, לצד לימוד עיון. מדי חודש נערכים מבחנים על עשרים דפי גפ"ת. כמו כן מתקיימים בישיבה לימודי אמונה (מחשבת ישראל). הישיבה ממשיכה את הקו האידאולוגי של ישיבת מרכז הרב וחלק מהרבנים, כולל הרב מלמד, הם בוגרי ישיבה זו.
הישיבה נחשבת כאחת משלוש הישיבות הגבוהות הגדולות בציבור, שתלמידהם על פי רוב מגיעים לישיבה בשביל ללמוד בה לתקופה יותר ממושכת וארוכה יחסית לשאר הישיבות בציבור הציוני דתי.
הרב זלמן מלמד מנחיל בישיבה דרך של הסתכלות חיובית על המציאות "עין טובה" שאומרת שבכל קושי צריך לראות אתגר ואפשרות להתקדמות וצמיחה, ואין להסתכל על אתגרי הדור בעין שלילית.
הישיבה מחנכת לשירות בצה"ל ומרבית הבחורים מתגייסים דרך מסלול הסדר מרכז או ישיבות ההסדר (חיצוני לישיבה) ומיעוטם לשירות מלא.
מכינה קדם צבאית לבוגרי תיכונים דתיים וישיבות תיכוניות, בראשות הרב אורי שרעבי.
ישיבת "גור אריה יהודה" לבוגרי המכינה הקדם צבאית, בראשות הרב שמואל שמעוני.
תנועת קוממיות - העוסקת בהסברה בנושאים כגון שמירה על וחיזוק האחיזה בארץ ישראל השלמה, החזרה בתשובה, הנהגת חוקי ההלכה במדינה, וחיזוק הגרעינים התורניים בערים המעורבות.
הוצאת ספרים "מאבני המקום", בהוצאה זו יצאו לאור בהוצאה מחודשת ספרים של הראי"ה קוק ובנו הרצי"ה קוק, לצד ספריו של הרב מלמד ורבנים נוספים.
ערך מורחב – ישיבה (אתר אינטרנט)
אתר האינטרנט הרשמי של ישיבת בית אל (באנגלית)
