בניסיון להתמודד עם הביקוש הרב, רכבת ישראל מפעילה רכבות נוסעים ארוכות במיוחד, שאורכן עולה לעיתים על אורך הרציפים בתחנות הרכבת. נוסעים רבים מתלוננים על כך שהם נאלצים לקפוץ מקרונות הנוסעים אל הקרקע - גובה של יותר ממטר. מרכבת ישראל נמסר שבמקרים מסוג זה הנוסעים מתבקשים על ידי כרוז להתקדם מספר קרונות בכיוון הנסיעה על מנת לרדת בבטחה ברציף, וכי מעטים הנוסעים שהתלוננו על היעדר כריזה שכזו. (אתר "ynet" - עשרים-ותשעה במרץ 2009)
תיק ההשקעות של רכבת ישראל, שנוהל עד כה על ידי בתי ההשקעות "פיננסים" ו"פעילים", ינוהל מעתה גם על ידי בתי ההשקעות "אינפיניטי", "דש", "מיטב" ו"תמיר פישמן". בתי ההשקעות "תכלית" ו"הראל", שניהלו עד כה חלק מתיק ההשקעות, עברו לרשימת ההמתנה, שבה נמצאים גם בתי ההשקעות "מגדל" ו"מודוס". כל אחד מששת בתי ההשקעות, שנבחרו במכרז ההתקשרות עם החברה, ינהל כ-250 מיליון ש"ח מקרן הפיתוח של הרכבת. הקרן מהווה ברובה (80%) כספים שחברת הרכבת מחזיקה עבור המדינה, ושאר כספי הקרן (20%) נועדו להשקעות העצמיות של החברה (כספי נוסטרו). קרן הפיתוח של רכבת ישראל הניבה כ-6% תשואה ריאלית בשנת 2008, וזאת על רקע הפסדים גדולים של רוב הקרנות במשק. (אתר "כלכליסט" - 26 במרץ 2009)
הנהלת רכבת ישראל התכנסה בפורום מורחב כדי לדון באפשרויות התייעלות על רקע המשבר הכלכלי העולמי הנוכחי, שהוביל לירידה חדה בהכנסותיה מרכבות משא. מטרת ההתייעלות היא להביא לקיצוץ של 30–40 מיליון ש"ח בתקציב השוטף של החברה. אחת ההצעות שהועלו היא קיצוץ מאסיבי בתלושי חג הפסח המחולקים לעובדים - מ-990 ש"ח ל-550 ש"ח - אך ההצעה טרם אושרה. (אתר "גלובס" - 25 במרץ 2009)
מבקר המדינה מתח ביקורת על עיריית תל אביב ועל הוועדה המקומית לתכנון ולבנייה בשל ההליך המקוצר שבו נקטו כדי לאשר את תוכניות פיתוח הנדל"ן במתחם תחנת הרכבת ההיסטורית יפו. המבקר קבע כי לא הייתה כל סיבה מוצדקת לאשר את התוכניות בהליך מקוצר ומבלי שהוצגה תוכנית מפורטת - דבר שעלול להיות לרועץ בכל פיתוח עתידי של המתחם. העירייה השיבה כי כן קיימת תוכנית מפורטת, ובכל מקרה על המתחם לא חלים עקרונות התכנון הרגילים, משום שפיתוח המתחם כולל שיפוץ ושימור ולא בנייה של מבנים חדשים, ולכן אין בכך משום הפרעה לתוכניות פיתוח עתידיות. (אתר "כלכליסט" - 25 במרץ 2009)
שמונה החברות שהתמודדו במכרז הגישו את אותה הצעה בדיוק לרכבת ישראל - ביצוע הפרויקט תמורת 73 מיליון ש"ח. "שפיר הנדסה" זכתה בהגרלה שנערכה בין החברות. הסיבה לכך שכל החברות הגישו בדיוק את אותה הצעה נעוצה בכללי המכרז של חברת הרכבת. הרכבת תמחרה את ביצוע הפרויקט בכ-91 מיליון ש"ח, והתירה למתמודדות במכרז להגיש הצעות מחיר נמוכות יותר, אך שלא יפחתו בלמעלה מ-20% מהתמחור. ככל הנראה, התמחור היה לא מדויק, ולכל החברות השתלם להציע את המחיר הנמוך ביותר שהמכרז התיר להן להציע - 73 מיליון ש"ח. מדוברות רכבת ישראל נמסר כי השיטה נועדה להבטיח שהמשתתפות במכרז לא יציעו "מחירי רצפה" שאחר-כך לא יוכלו לעמוד בהם. (אתר "כלכליסט" - 24 במרץ 2009) (אתר "The Marker" - עשרים-וארבעה במרץ 2009)
התוכנית הנרקמת לשדרוג תחנת הרכבת לוד תכלול גם הקמה של בניין משרדים להנהלת הרכבת בשטח של 15,000-20,000 מ"ר, שירכז את כל משרדי ההנהלה במקום מרכזי אחד. כיום, משרדי הנהלת החברה מפוזרים בין תל אביב, לוד, חיפה וחדרה, ועל אף שעלות הקמת הבניין מוערכת ביותר מ-100 מיליון ש"ח, מדובר בהשקעה שתחסוך לחברה הוצאות רבות ותפחית את הסרבול שנובע מפיזור רחב של משרדים. הבחירה בלוד נבעה מכמה שיקולים - ראשית, תחנת הרכבת לוד היא צומת מסילתי חשוב ומרכזי; שנית, רכבת ישראל מחזיקה בכ-300 דונם במתחם התחנה; ולבסוף, כחברה ממשלתית היא ממלאת אחר החלטת ממשלת ישראל "לפעול למען חיזוק העיר לוד". (אתר "גלובס" - 23 במרץ 2009)
שני אחים המועסקים ברכבת ישראל גנבו כספים מהחברה. האח המועסק כאחראי משמרת אישר העברת פרמיות לאחיו הצעיר המועסק כפקח בעבור שעות נוספות, שאותן כלל לא עבד. בחברת הרכבת העדיפו שלא לפנות למשטרה, והשעו את אחראי המשמרת למשך שלושה חודשים. (אתר "ynet" - תשעה-עשר במרץ 2009)
פרויקט "התחנה" - פרויקט להקמת מתחם בילוי ופנאי בתחנת הרכבת ההיסטורית של יפו - נכנס לשלביו הסופיים עם הוצאתם למכרז של המבנים האחרונים במתחם. הזוכים במכרז יבצעו במבנים עבודות שחזור ושימור, ולאחר מכן יפעילו בהם חנויות ובתי קפה תמורת דמי זיכיון חודשיים בסך 55 אלף ש"ח. (אתר "כלכליסט" - 18 במרץ 2009)
שאול עוקיש, מזכיר ועד העובדים הצפוני של רכבת ישראל, שפרש לאחרונה מעבודתו בחברה לאחר שנעצר בגין חשד לשחיתות, יוחלף על ידי משה סוליקרו. סוליקרו, בעל ותק של ארבעים שנה בחברת הרכבת, נבחר לתפקיד ברוב קולות, למרות שהוא נחשד באותן עבירות שבהן חשוד עוקיש. (אתר "The Marker"- שנים-עשר במרץ 2009)
יצחק הראל, מנכ"ל רכבת ישראל, המליץ ליעקב אפרתי, יושב-ראש דירקטוריון החברה, לבטל תוספות שכר לבכירי ההנהלה בסכום של כמיליון ש"ח, בעקבות המשבר הכלכלי הנוכחי. ביטול תוספת היוקר למנהלים בשיעור של כ-3% (בהתאם לעליית המדד) יחסוך כ-480 אלף ש"ח בשנת 2009. יחד עם הקפאת גמול ההצטיינות למנהלים, ייחסכו בסך הכל כמיליון ש"ח בהוצאות השכר של רכבת ישראל, שמסתכמות בכ-420 מיליון ש"ח מדי שנה (כ-40% מהתקציב השוטף). לא נמסרה תגובתם של חברי הנהלת הרכבת, שבוודאי מותחים ביקורת על הקפאת גמול ההצטיינות, וזאת בייחוד בשל ביצועי החברה בשנת 2008 - עלייה בכמות הנוסעים (10.5%), עלייה בהכנסות ממכירת כרטיסי נסיעה (11.4%) והקטנת ההפסד הנקי (מ-120 מיליון ש"ח לכ-30 מיליון ש"ח). (אתר "The Marker" - תשעה במרץ 2009)
8/3/2009
הסתיימה כתיבת התחקיר אודות אירוע הבטיחות שאירע לפני כשבועיים בקו הרכבת למודיעין (רכבת נוסעים לא הצליחה לבלום בתחנת הרכבת פאתי מודיעין בשל הכנה לקויה של המערכת הבלמים וחלפה על פני סימנוראדום). מנכ"ל רכבת ישראליצחק הראל סיכם כי העובדים שהיו אחראים לתפעול התקין של הרכבת פעלו שלא לפי הנהלים, וכשתוחקרו לא הציגו את כל עובדות המקרה, ועל כן הוא מורה לטפל בהם משמעתית, במטרה להרתיע עובדים אחרים מהתנהגות דומה. כמו כן, עולה מסיכום התחקיר כי תפעול הרכבות ברכבת ישראל אינו עומד ברמה הבטיחותית הנדרשת, וזאת בגלל היעדר פיקוח מספיק של מנהלים בכירים בחברה ושל משרד התחבורה. הראל גם מותח אצבע מאשימה כלפי קיצוצי התקציב בשנים האחרונות, שהובילו לכך שנהגי רכבות עובדים שעות רבות מדי בלילות, ולכך שחסרים בעלי תפקידים בחטיבת התפעול של חברת הרכבת. (אתר "ynet" - שמונה במרץ 2009)
תנועת הרכבות במסילת החוף שובשה היום בגלל פרה - פרה שעלתה בפתאומיות על פסי הרכבת נדרסה על ידי רכבת נוסעים שנסעה מצפון לדרום. נוסעי הרכבת, שיצאו ללא פגע, נאלצו להמתין לבואה של רכבת חלופית, ובינתיים נגרמו השיבושים בתנועת הרכבות. (אתר "Mako" - ארבעה במרץ 2009)
בשנת 2008קטרי הדיזל של רכבת ישראל תודלקו בכ-53 מיליון ליטרים של סולר בעלות הנאמדת בכ-250 מיליון ש"ח. הדלק לקטרים מאוכסן במוסכי חברת הרכבת בבאר שבע, באשדוד, בלוד, בחיפה ובדימונה. התיישנות מכלי הדלק הביאה לכך שדלק דולף אל הקרקע או נשפך בעת מילוי הקטרים, דבר הגורם לזיהום ולבזבוז משאבים. כמו כן, אזורי התדלוק אינם עומדים בתקנים למניעת שריפה. לכן, הוחלט בהנהלת הרכבת לחדש את אזורי התדלוק בחיפה ובדימונה בעלות של כ-40 מיליון ש"ח. (אתר "כלכליסט" - 3 במרץ 2009)
2/3/2009
הגשר שנבנה בבנימינה מעל מסילת החוף כדי להוות חלופה למעבר הרכבת במרכז המושבה לא נפתח לתנועה למרות שבנייתו הושלמה לאחרונה. מעבר הרכבת המסוכן, שהיה מוקד לכמה תאונות רכבת, נסגר לפני כשנתיים בצו של שר התחבורהשאול מופז, שהורה להקים את הגשר כחלופה בטיחותית. אולם הגשר, שהוקם בהשקעה של כ-65 מיליון ש"ח, לא נפתח משום שלא נסלל כביש עוקף בנימינה שיתעל את התנועה הסואנת בפאתי המושבה. משרד התחבורה מונע את פתיחתו מחדש של מעבר הרכבת המסוכן, תושבי בנימינה מתנגדים לפתיחת הגשר החדש שינתב את תנועת המכוניות לתוך המושבה וסלילת הכביש העוקף מתעכבת - לכן, לאחר השקעה כספית גדולה, המצב נותר ללא פתרון. (אתר "Mako" - שניים במרץ 2009)
