לפני הקמת הרציף הראשון במקום, עוד בימי המנדט הבריטי הייתה התחנה "נקודת עצירה" בלבד (באנגלית: Halt) שזה מקום מוסכם לעצירת רכבת לצורך העלאת והורדת נוסעים, ללא רציף או מבנה כלשהו, שנקראה "סאפארייה" על שם הכפר הערבי ששכן במקום, על קו מסילת הרכבת יפו–ירושלים, בקום המדינה עם החזרת קו הרכבת לירושלים, נקראה התחנה על שם היישוב כפר חב"ד. במרוצת השנים, הוקם בנקודה רציף עץ קצר באורך של כ-50 מטר, עם סככה קטנה מפח. עם השלמת העבודות להכפלת המסילה בין לוד לתל אביב בשנת 1999, החליטה רכבת ישראל להרוס את התחנה, והוציאה מכרז לבניית תחנה מודרנית בכפר חב"ד.
מבנה התחנה הנוכחי הוא מבנה מודרני, הכולל שני רציפים ארוכים עם ספסלים לישיבה ומעבר תת-קרקעי המחבר את הרציפים. בתחנה אמצעי נגישות שונים וחניה חינם ל־40 מכוניות ולאופניים. בתחנה נעשים עבודות תשתית כך שבעתיד יהיו 150 מקומות חניה נוספים ומחלף בעל הפרדה מפלסית שיחליף את המפגש כביש-מסילה הצמוד לתחנה[2].