"הקופסה הכחולה", 2006תעודת הוקרה שניתנה ליחיאל אוני מהעיירה ורבה בפולין, בשנת 1937 לאות הוקרה על פעילותו עבור הקק"ל. התעודה מציגה באופן אומנותי את פעילויות הקק"ל בארץ ישראל.
לפני קום המדינה עסקה קק"ל בעיקר ברכישת קרקעות בארץ ישראל לשם יישוב יהודים בהן. עם זאת, רוב קרקעות קק"ל נמכרו לקק"ל על ידי ממשלת ישראל לאחר קום המדינה ממאגר נכסי נפקדים ממלחמת העצמאות[3]. בתחילת המאה ה-21 מרוכזת פעילות הקרן סביב פיתוח, השבחת והכשרת קרקעות לעיבוד ולהתיישבות, ובתחומים כגון סלילת דרכים וניקוז.
מקור השם "הקרן הקיימת" הוא בדברי המשנה, המפרטת ומונה כמה דברים שהאדם "אוכל פירותיהם בעולם הזה – והקרן קיימת לו לעולם הבא"[4] בחירת שם זה לקרן הלאומית נועדה לרמוז ליהודי העולם, כי התרומות שיתנו לקרן (בעולם הזה) יעמדו לזכותם בעולם הבא.[דרוש מקור] בשנים הראשונות נודע הקרן בכינויו "הפונד הלאומי"[5] או בלועזית: ה"נאציונאל פונד".
התורם הראשון לקרן הקיימת לישראל היה יונה קרמנצקי, שתרם עשר לירות שטרלינג. אחריו תרם הרצל ובעקבותיו צירים רבים מהקונגרס הציוני. בשנים הראשונות עסק יונה קרמנצקי בצדדים המעשיים של הקמת הקרן, והיה מנהלה הראשון עד 1907.
המוסדות הציוניים עד מלחמת העולם הראשונה
בקונגרס השישי של ההסתדרות הציונית (אוגוסט 1903) סוכמו העקרונות הבאים: הקרן תשמש כזרוע ההסתדרות הציונית לרכישת קרקעות ארץ ישראל ולהעברתן לבעלות העם היהודי לצמיתות כקרקע לאומית; אמצעי הקרן ייאספו מכספי תרומות, והקרן לא תורשה למכור את קרקעותיה אלא להחכירן בלבד.
לאחר הקמת מדינת ישראל התאגדה קק"ל כחברה ישראלית ובתזכיר התאגדותה משנת 1954 נוסחו מטרותיה: ”לקנות, לרכוש בחכירה או בחליפין, לקבל בחכירה או באופן אחר – קרקעות, יערות, זכויות חזקה ושיעבודי הנאה וכל זכויות כיוצא באלו, וכן נכסי דלא ניידי מכל סוג אחר, התחום שנקבע (והוא כולל לפי מובנו בתזכיר זה, את מדינת ישראל וכל שטח הנתון לשיפוטה של ממשלת ישראל) או בכל חלק ממנו, לשם יישוב יהודים על הקרקעות והנכסים האמורים”[8]
ההסכם להעברת קרקעות ממשלת ישראל לקרן הקיימת
בשנת 1961 נחתם "כתב האמנה" בין מדינת ישראל וקק"ל, על פיו מינהל מקרקעי ישראל מנהל גם הקרקעות של קק"ל[9] ונקבע כי לקרן הקיימת תהיה נציגות של כ-50% במועצת המנהל. זרח ורהפטיג הציג את המוטיבציה לשילוב הקק"ל במנהל המקרקעין כנובעת מהיכולת של הקרן כגוף פרטי, בניגוד לממשלה, לפעול למען יהודים בלבד ”אנחנו רוצים דבר שקשה להגדירו. אנחנו רוצים שיהיה ברור שאדמת ישראל שייכת לעם ישראל. עם ישראל זה מושג רחב יותר מאשר העם היושב בציון, מפני שעם ישראל נמצא בעולם כולו. מאידך גיסא, כל חוק שאנחנו מקבלים הוא לטובת כל היושבים במדינה, וכל היושבים במדינה כוללים גם אנשים שאינם שייכים לעם ישראל העולמי... אנו נותנים לבוש חוקי לתקנות של הקרן הקיימת לישראל”[10]. כן ייעדה האמנה לקק"ל תפקיד של פיתוח אדמות ארץ ישראל וייעורן והסברה חינוכית-ציונית.
בעשור השני של המאה ה-21 פעלו בממשלת ישראל לקחת מכספי הקרן הקיימת ולפגוע בעצמאותה. עלו אף קולות לסגור את הקרן הקיימת ולהעביר את נכסיה לידי ממשלת ישראל. בחודש אוגוסט 2014 פורסם כי דירקטוריון קק"ל קיבל החלטה[11] לפיה קק"ל תיערך להיפרדות מן המדינה והפסקת ההתקשרות עם רשות מקרקעי ישראל המנהלת את אדמות קק"ל. בהחלטה נכתב: ”הניסיונות להלאים את קק”ל ולהפכה לכלי ממשלתי, המשרת את תפישת 'מדינת כל אזרחיה', הם חציית קו אדום, לא חוקיים, פוגעים באינטרסים של התנועה הציונית ומנוגדים לעקרונות עליהם קמה קק”ל”. לבסוף הושג הסדר בין הקק"ל לממשלה על המשך שיתוף הפעולה.
עוד טרם הקמת הקרן, הוצע שבעת איסוף השקל הציוני, דמי החבר בהסתדרות הציונית, יוצע לכל נרשם לתרום כסף לקרן הקיימת[6]. בכנסים ציוניים אספו כספים לקרן הקיימת[12].
פעילות גיוס תרומות לקרן הקיימת התפרסה על פני כל העולם. בפברואר 1916 גויסו 34,378 מרק, מהם מעל 40% היו מצפון אמריקה, 20.5% מהאימפריה האוסטרית, 15.5% מהאימפריה הרוסית, 8.3% מגרמניה, 6.7% מדרום אפריקה, 5.6% מהולנד וסכומים קטנים מאנגליה, דנמרק, סלוניקי, שווייץ ובלגיה[13][14]. כספים נאספו גם ברומניה[15].
במקומות שונים התקיימו יוזמות שונות לגיוס כספים. יוזמה אחת הייתה קיום "יום פרחים" שהייתה שיטה ידועה לגיוס כספים באותה תקופה, שבו הפעילים מכרו פרחים והרווחים הועברו למטרת צדקה[16][17]. יוזמה נוספת הייתה קיום "שבוע ארץ ישראל" לתעמולה אינטנסיבית וגיוס כספים[18].
בשנת 1924 חתמה הקרן הקיימת הסכם עם חברת הביטוח פניקס, וינה, על פיה נציגויות הקרן הקיימת באירופה פעלו גם כסוכנויות ביטוח עבור החברה, תמורת עמלה[19][20]. שיתוף הפעולה של ההסתדרות הציונית עם חברת פניקס התרחבה עם השנים ובקרן הקיימת פרסמו את התקבולים שנתקבלו מהחברה תוך ציון שאלו ניתנו ללא פגיעה במבוטחים[21]. בסוף 1932 הגיע היקף הפוליסות שסודרו דרך הקרן הקיימת למעל 12% מפוליסות החברה[22]. בסוף שנת 1933 הגיע היקף הפוליסות שסודרו דרך הקק"ל לקרוב ל-14%[23]. בשנת 1928 חודש החוזה לשש שנים[24] ובשנת 1933 הוארך החוזה בין החברה והקרן הקיימת ל-10 שנים נוספות[22]. קריסת חברת פניקס בשנת 1936 הביאה את מנהלי הקרן הקיימת במבוכה והועלו נגדה האשמות על קבלת כספים באופן בלתי ראוי מהחברה[25]. הקרן הקיימת הכחישה את הפרסומים וטענה שכל הכספים שקבלה היו במסגרת פעילותה כסוכנת ביטוח על פי ההסכם הגלוי עם החברה[26].
יוזמה נוספת לגיוס כספים לקרן הקיימת בשנות ה-20 הייתה מועדון לקוחות בשם "המחלקה לראבאט" אשר גייסה חברות שהבטיחו להעניק לרוכשים דרך הקרן הקיימת הנחה שחלקה יועבר כתרומה לקרן הקיימת[20].
במשך כמאה שנים מאז התחדשות היישוב היהודי האשכנזי בארץ ישראל, נתמכו רוב בני היישוב הישן בארבע ערי הקודש על ידי כוללים, שתוקצבו מכספי החלוקה. צורת גיוס התרומות המפורסמת ביותר בהקשר זה הייתה קופת רבי מאיר בעל הנס.
קופה זו הייתה נפוצה בבתי יהודים רבים, לשם נדבה עבור יושבי ארץ ישראל, ובמידה רבה העבירה את עיקר המשקל של התמיכה ביישוב הישן ממגביות חד פעמיות של שדרים, בקרב מספר מצומצם של גבירים עשירים אל נדבות קבועות של המוני היהודים שבתפוצות השונות.
מאוחר יותר, כשהוקמה הקק"ל בתחילת המאה העשרים, לשם גאולת קרקעות בארץ ישראל, להוציא את האדמה מיד נכרים לידי ישראל. נוסד על ידה מנגנון גיוס תרומות הדומה מאוד לזה של קופת רמבעה"ן. הקופסה הכחולה של הקק"ל נועדה אף היא לתלייה בבתי ישראל והוצבה גם בבתי ספר. היא לא הייתה נעולה אלא נסגרה בפקק מתכת. קופסה זו גרמה לעיתים מעין תחרות בין קופת רמבעה"ן לבין קרנות צדקה אחרות למטרות מקומיות בעיקר, אך כשמדובר בקופסה הכחולה הועצמה התחרות בשל העובדה, שגם קופה חדשה זו עסקה במוצהר בתמיכה בענייני ארץ ישראל.
בנושא זה היה דעות חלוקת בין גדולי ישראל באותו דור, היות שבקק"ל היו רבים שלא שמרו תורה ומצוות[27].
הרכישות הראשונות לקרן הקיימת נעשו בשנים 1904–1905. לרכישה הראשונה נחשבת קנייתם של כ-4,000 דונם בחיטין מידי הסוחר דוד חיים, במחיר של 20 פרנק לדונם. לאחר מכן, נרכשו כ-2,400 דונם מאדמות הכפר דיר טריף ליד לוד (בית החרושת חדיד, חוות בן שמן ולימים "כפר הנוער בן שמן") וכן 1,600 דונם מאדמת הכפר ח'ולדה, לימים, חוות חולדה, בהם גודלו השתילים ליער הרצל, שהוא היער הראשון שניטע על ידי הקרן הקיימת[28].
בשנת 1905, רכשה הקרן הקיימת מיק"א את אדמות דלייקה, עליהן הוקמה חוות כנרת, ואת אדמות אום ג'וני, בהן היה אתר ההתיישבות הראשון של דגניה א'.
במהלך מלחמת העולם הראשונה השתמשה הקרן הקיימת בכספיה לעבודות פיתוח שונות, בהם בניית בתים לפועלים על אדמותיה ולייבוש ביצות[29]. לאחר הקמת קרן היסוד בשנת 1920 רוכזו מאמצי הקרן הקיימת ברכישת קרקעות.
דגל קק"ל עד שנת 2008
עיקר פעילותה של הקרן הקיימת בתחום רכישת הקרקע החלה לאחר כינוס הוועד הפועל הציוני ב-1920 בלונדון. עד שנת 1920 רכשה קק"ל פחות מ-25,000 דונמים שרובם עברו מבעלותה לרוכשים פרטיים. משנת 1921 חל גידול ניכר בהיקף עסקאות הרכישה שביצעה הקרן הקיימת והקרקע שנרכשה נותרה בבעלותה.
בשנת 1923 מונה מנחם מנדל אוסישקין לעמוד בראש הקרן. בתקופה זו הייתה חברת "הכשרת היישוב" בראשות יהושע חנקין הקונה העיקרית של קרקעות עבור קק"ל. משנות השלושים ואילך, בתקופת כהונתו של יוסף ויץ כמנהל מחלקת הקרקעות והייעור החלה קק"ל לרכוש קרקעות במישרין מבעלי הקרקע הערבים. כדי לייעל את תהליך רכישת הקרקעות, אורגנו חמישה משרדים מחוזיים ומונו אנשים שהיו בעלי ידע בענייני קרקעות ובניהול משא ומתן עם בעלי קרקע ערבים. אז החלה רכישת קרקעות באזורים שעד אז לא הייתה בהם דריסת רגל ליהודים, כמו הרי יהודה, הגליל המערבי, עמק החולה ובדרום הנגב. בשנים 1921–1933 היה משקלה של הקרן כ-60% מכלל העברות הקרקע לבעלות יהודית. בשנים 1934–1935 הצטמצם חלקה של הקרן הקיימת ל-20% בלבד אך עם פרוץ המרד הערבי הגדול בשנת 1936 פחתו העסקאות הפרטיות וגדל חלקה של הקק"ל[30]. לפי מנכ"ל הקרן הקיימת אברהם גרנות מעל למחצית השטח שרכשה הקרן הקיימת עד 1948 היה בבעלות בעלי קרקע גדולים שחיו מחוץ לשטחי המנדט, כרבע מבעלי קרקעות גדולים מקומיים, כ-13% מממשלת המנדט, כנסיות וחברות ורק כ-10% מפלאחים שעיבדו אותה בעצמם[31].
בשנת 1938 נוסדה חברת הימנותא (נאמנות בארמית), במטרה להוות מכשיר משפטי לקניית וניהול קרקעות שהקרן הקיימת שוקלת למכרם הלאה, דבר הנוגד את עקרונות הקרן. כן נועדה חברת הימנותא להחזיק בנאמנות קרקעות שנמסרו לקרן הקיימת עד למסירתם חזרה לבעליהם. לפני 1938 שימשה חברת הכשרת היישוב בתפקיד דומה לזה של חברת הימנותא[32][33].
לאחר הקמת המדינה רכשה הקרן הקיימת מידי ממשלת ישראל בעסקת ענק - עסקת מיליון הדונם, קרקעות נכסי נפקדים שבעליהם גורשו/נטשו אותם במהלך מלחמת העצמאות, כך שרוב הקרקעות שבידי הקרן הקיימת היום נרכשו בעסקה זו. אברהם גרנות הוא שיזם והוציא לפועל את הרכישות על אף התנגדות בקרב שרי ממשלה ובהנהלת הקרן הקיימת. בין המתנגדים היה יוסף ויץ שסבר שרכישת קרקע הנמצאת ממילא בידי המדינה מיותרת ודי באפוטרופסות של הקרן הקיימת לשם פיתוח[34]. בין הנימוקים למסירת שטחים גדולים לידי הקרן הקיימת מידי הממשלה היו מחויבותה של הקרן הקיימת (להבדיל מממשלת ישראל) לפיתוח הקרקע לטובת יהודים בלבד. כך הסבירו הרצפלד וגרנות שהעברת הבעלות על תבטיח שהן ישמשו אך ורק את היהודים ולא את יתר אזרחי המדינה[35]. כמו כן העברת הבעלות על הקרקע לגוף פרטי פטרה את המדינה מלהתעמת עם החוק הבינלאומי בנוגע למעמד הקרקעות. העסקה עם המדינה לא הוכפלה, מאחר שהקרן טענה שאין ברשותה את הכספים לשלם על מיליון דונם נוספים שהיו אמורים לעבור לרשותה[36].
תפקידיה של קק"ל על פי חוק קק"ל (1953) הוא לרכוש אדמות בארץ ישראל ולקדם התיישבות יהודית. לאחר קום המדינה הוסכם באמצעות אמנה בין קק"ל לבין מדינת ישראל כי מינהל מקרקעי ישראל ידאג לפן הניהול והשיווק של הקרקעות, בעוד קק"ל תמשיך להיות הבעלים הרשמיים כנציגי העם היהודי.
מאז קום המדינה קק"ל מתפקדת, לצד הסוכנות היהודית וארגונים נוספים, כאחראית על התיישבות היהודית במדינת ישראל. בחוק הקרן הקיימת שנחקק בכנסת בשנת 1953 נקבע שמטרות קק"ל הן לרכוש קרקעות וליישבם ביהודים. במשך רוב שנות המדינה נמצאו פתרונות פרקטיים למקרים שבהם לא-יהודים בקשו לרכוש קרקעות שבבעלות קק"ל (באמצעות חילופי קרקעות בין המדינה לקק"ל), אך בשנת 2004, בעקבות התנגדות תושבים מכרמיאל לרכישת דירות בעיר על ידי ערבים, הודיעה קק"ל שהיא תקפיד מכאן ואילך על שיווק קרקעותיה ליהודים בלבד. לבג"ץ הוגשו שורה של עתירות בנושא, על ידי האגודה לזכויות האזרח, עדאלה וארגונים נוספים, ובעקבותיהן בשנת 2005 פסל היועץ המשפטי לממשלהמזוז את עמדת קק"ל וקבע כי קרקעותיה יוכלו להימכר גם לערבים על בסיס עקרון השוויון[38]. קק"ל מתנגדת להחלטה זו, ובהיעדר הסדר בעניין היא איימה לבטל את האמנה עם מדינת ישראל ולהחזיר לידיה את ניהול ושיווק קרקעותיה. העניין תלוי ועומד (2008) בפני בג"ץ.
מאז קום המדינה היא עוסקת במפעלי ייעור, פריצת דרכים, הכשרת קרקע וחינוך. בשנים הראשונות של הקמת המדינה עבדה הקרן הקיימת לישראל על פרויקט ייבוש החולה. במאה ה-21, פועלת קק"ל גם להנגשת החניונים, הפארקים והיערות שלה לאנשים עם מוגבלות.
ראשוני היערנים היו "החבורה", כפי שכינה אותם יוסף ויץ, והם כללו את שרון ויץ (מנהל אגף הייעור הראשון לאחר קום המדינה) וכן את משה קולר, טוביה אשבל, עמרם מקובר, נוח פלד, נפתלי יופה ושמחה סולובייצ'יק. על שמם ניטע יער בכרמל ושמו "יער היערנים".
במשך השנים דרשה הקרן הקיימת שלא ייעשה בנכסיה מלאכה בשבת. כל חוכר מידי הקרן הקיימת נדרש לחתום על סעיף 8 שקבע:
”על החוכר וכל הבא מזכותו להימנע מכל עבודות בניין ומלאכה בנכסיה בימי שבת וחגי ישראל”.
בשנות ה-60 דרש עוזי ארנן לבטל את הסעיף והשופטת מרים בן-פורת קבעה שהסעיף בטל. בערעור לבית המשפט העליון נתקבלה פשרה שקבעה שפירוש המילה "מלאכה" הוא: "ניהול עסק וכל עבודת כפיים המבוצעת דרך קבע על ידי החוכר בעד תמורה או המבוצעת על ידי הזולת בעד תמורה ופרהסיה"[39].
בשנים שאחר מלחמת העולם השנייה השתתפה קק"ל במערכת בתי ספר במחנות העקורים באירופה שהוקמה על ידי אליהו דובקין, מבכירי הסוכנות היהודית ומועצת המורים בארץ, כשהוסכם כי כל המורים היוצאים ללמד בבתי הספר במחנות יעברו לפני צאתם סמינר הכנה מטעם קק"ל[40].
סמל הקרן הקיימת לישראל עבר מספר שינויים לאורך השנים. בתחילה עוצב בשחור לבן עם פסים היורדים מטה באלכסון ומזכירים תלמים בשדה ומסמלים את הקשר בין הקק"ל לקרקע, ולאחר מכן עוצב עם שלושה פסים בלבד שמסמלים גם את האדמה עם הקשר לצורת מפת ארץ ישראל ועץ נטוע שנשאר גם שהתחלף הסמל מספר פעמים.
החל משנת 2008 סמל קק"ל החדש הוא צבעוני (חום, ירוק וכחול) החום מסמל את הקשר לקרקע, הירוק מסמל את אחריותה של הקק"ל לייעור והכחול מסמל את המים, קק"ל לקחה על עצמה אחריות לשיקום נחלים ולאגירת מים כדי לסייע להתיישבות.
כחברה פרטית הקרן הקיימת פועלת מחוץ למערכת השלטון הרשמית ולמדיניות הרשמית של ממשלת ישראל ואינה כפופה לביקורת חיצונית ואינה מחויבת לשקיפות. בשנת 2014 פרסם המשנה ליועץ המשפטי לממשלה אבי ליכט חוות דעת לפיה "למרות ההיבט הציבורי המהותי של פעולתה, כמעט ואין פיקוח חיצוני על התנהלותה של קק״ל ואין גוף מדינתי המפקח על התנהלותה. הציבור אינו חשוף לדוחות הכספיים ואין כל ערובה חיצונית לכך שפעילותה משרתת בצורה מיטבית את האינטרס הציבורי. לכך יש להוסיף את הקשר ההדוק בין קק״ל למערכת הפוליטית כולל בנושא מינויים בקק״ל". לעמדה המצדדת בפיקוח מבקר המדינה על הקרן הקיימת הצטרף גם מבקר המדינה, יוסף שפירא, שנימק את עמדתו ב"טענות חוזרות ונשנות על אי סדרים" ומניעת פגיעה בטוהר המידות[41]. בניגוד לעמדה זו נדחתה במאי 2014 בוועדת השרים לענייני חקיקה הצעתה של שרת המשפטים, ציפי ליבני[42] להחיל ביקורת של מבקר המדינה על הקרן הקיימת[43]. באוקטובר 2013 הסביר חבר הכנסתדוד רותם בישיבת ועדת חוקה חוק ומשפט את מניעי ההתנגדות להחלת שקיפות על הקרן הקיימת: "אני לא רוצה שקיפות. כשיבואו מחר לשאול את הקרן הקיימת: איפה המכרז שעשית כשהשקעת פה והשקעת שם? או שקנית קרקעות – אני לא רוצה לתת לך על זה שקיפות, אני לא רוצה שזה ייוודע לאף אחד"[44].
על פי דו"ח זה בשנת 2014 הסתכמו הכנסות קק"ל ב-2.4 מיליארד שקל, רוב הסכום - 2.1 מיליארד שקלים היו ממכירת קרקעות. בשנת 2013 היו הכנסות הקרן ממכירת קרקעות 1.7 מיליארד שקל. ההכנסה מתרומות ב-2014 הייתה כ-134 מיליון שקל מהם 76.6 מיליונים מצפון אמריקה לעומת 126 מיליון שקל בשנת 2013. שווי קרקעות קק"ל בסוף שנת 2014 היה כ-8 מיליארד שקל והיא החזיקה ב-270 מיליון שקל מזומנים בקופתה וניירות ערך בשווי 1.5 מיליארד שקל[46].
מבחינת דיווח חשבונאי נחלק הנדל"ן של הקרן הקיימת לשתי קבוצות[47]:
כ-2.6 מיליון דונם הם קרקעות הרשומות על שם הקרן ומנוהלות בידי רשות מקרקעי ישראל, הקרן הקיימת מקבלת את דמי החכירה שגובה רשות המקרקעין ומשלמת לרשות המקרקעין את עלויות הפיתוח.
40 אלף דונם מוחזקים בנאמנות על ידי חברת הימנותא שבבעלות מלאה של הקרן הקיימת רוב הנכסים הללו מושכרים לתקופות קצרות.
בשנת 2014 העסיק הקרן הקיימת 950 עובדים קבועים בעלות שכר ממוצעת של 300,000 שקלים. שכר יושבי הראש אפרים שטנצלר ואלי אפללו היה כמשכורת שר, סגני יושבי הראש משתכרים משכורת ח"כ, ומשכורתו של מנכ"ל הקרן הקיימת מאיר שפיגלר כשל מנכ"ל משרד ממשלתי. עלות הפנסיות ב-2014 הייתה 120 מיליון שקל.
כבר עם קום המדינה היו שראו בקק"ל גוף שעבר זמנו והתנגדו להעברת קרקעות המדינה לרשותה. חבר הכנסת יוחנן בדר דרש לפרק הקרן הקיימת אותה מצא כמוסד ארכאי ולא חיוני. "העם היהודי" בשמו התיימרה הקרן לפעול היה בעיניו כינוי לכמה פקידים היושבים בשכונת רחביה בירושלים. הוא סירב לראות ברכישת קרקעות המדינה (שני מיליוני הדונם) "גאולת קרקע" למען העם. לטענתו, משחלפה סכנת העברת הקרקעות לזרים, היה רעיון קרקע הלאום לאבסורד. בדר התנגד לאמנה שבין הקרן הקיימת לממשלה משום שמרגע מסירת אדמות המדינה לקרן, לא יהיה עליהן עוד פיקוח של הכנסת ושל מבקר המדינה והדבר יהפוך את המדינה לבת ערובה של עקרונות הקרן הקיימת[34]. ד"ר יוסי ביילין, בספרו "אחד העם פינת הרצל", טוען כי לאחר הקמת המדינה ויסוד מינהל מקרקעי ישראל, קיומה של קק"ל מהווה כפילות מיותרת. הוא קבל על כך שניתן לקק"ל להקצות משאבי ציבור (קרקעות) כגוף פרטי ופוליטי ללא פיקוח של המדינה, בעוד שכ-80 אחוז ממקורות המימון שלו מגיעים מהמדינה. לטענתו "זהו גוף שאין לו הצדקת קיום פורמלית ובלתי פורמלית, והוא מתקיים מתוך אינטרסים ארגוניים בלבד...", ובכך מאשים ביילין את קק"ל שקיומה משמש בעיקר במטרה לשמר את כוחה ולחלוקת "ג'ובים" ומינויים פוליטיים.
הועברה ביקורת רבה על משכורות הבכירים הגבוהות בארגון[50], אשר אינן הולמות ארגונים מסוגו, ואף נטען כי הן עשויות לגרום לקריסתו הכלכלית[51].
כמו כן, הועלו טענות בתקשורת לפיהן הארגון נוהג בפזרנות יתרה עם כספי ציבור, כאשר נחשף כי שולמו חצי מיליון דולר לבקשת נשיא ארצות הברית לשעבר ביל קלינטון לקרן הנושאת את שמו בעבור הרצאתו לכבוד יום הולדתו ה-90 של שמעון פרס[52].
בראשית המאה ה-21 התברר שהקרן הקיימת לישראל טיפלה ברשלנות בנכסים של פליטי שואה ויורשים לנספי שואה שהותירו אחריהם באירופה- נכסים שהייתה אמורה לאתר ולמכור עבורם. התברר שהקרן הקיימת מכרה נכסים ולא העבירה את הכספים לחלק מהמשפחות. במקרה אחד זכה יורש בפיצוי משמעותי לאחר שתבע את הקרן[53].
בפברואר 2000 הוקמה "ועדת החקירה לבדיקת נושא איתור והשבת נכסים של נספי השואה", בראשותה של ח"כ קולט אביטל[54], בעקבות מחקרים היסטוריים שהראו כי יהודי אירופה החזיקו בארץ ישראל, ערב מלחמת העולם השנייה, אלפי נכסי נדל"ן ונכסים פיננסיים אחרים. היוזמה להקמת הוועדה באה על רקע ביקורת ציבורית גוברת על כך שבישראל, בניגוד לאירופה, לא נעשה כמעט דבר להשבת רכושם של יהודים שנספו בשואה[55]. הוועדה הגישה מסקנותיה בינואר 2005. בין השאר איתרה נכסים וקרקעות, שבשלהי מלחמת העולם השנייה הועברו לקרן הקיימת בנאמנות, נכסים שיהודים הספיקו לרכוש בארץ ישראל בטרם נספו בשואה, כיוון שהיה חשש שרכושם ייגזל או יוחרם על ידי ממשלת המנדט, או גורמים אנטי ציוניים ואחרים. בעקבות כך, נחקק בדצמבר 2005 חוק הנכסים של נספי השואה, שהביא להקמתה של החברה לאיתור ולהשבת נכסים של נספי השואה, כדי שתפעל להשבת נכסים אלו ואחרים[56]. רק בשנת 2013 השלימה הקרן להעביר כחצי מיליארד שקל לחברה לאיתור ולהשבת נכסים של נספי השואה[57].
בשנת 2011 תבע קיבוץ גבעת ברנר להשיב לו 1,200 דונם, שרשומים היום כרכוש הקרן הקיימת לישראל. לטענת הקיבוץ, הקרקעות נרכשו מכספי מייסדיו, אשר מטעמים ציוניים אידאולוגיים מסרו אותה לידי הקק"ל בנאמנות[58].
בדו"ח מבקר המדינה שהוגש ב-2017 נקבע כי "החלטות התקבלו שלא על פי אמות מידה ידועות וברורות" וכי קיים "ליקוי מהותי בניהול ובבקרה בקק"ל"[59].
בפרק מתוך דו"ח מבקר המדינה שהתפרסם במרץ 2017, נמתחה ביקורת על הסכם עם מינהל מקרקעי ישראל מ-1991 שהוגדר חשאי ולא חוקי, במסגרתו העבירה המדינה 51 אלף דונם של קרקעות בגלילי בתמורה לחובות בשווי מיליארדים. משרד מבקר המדינה קובע כי הוא "רואה בחומרה את אופן פעילותן האמור של קק"ל ושל המדינה בנושא" וכי פעילותן הייתה "בניגוד לסדרי מנהל תקינים".
ביקורת שערך משרד המשפטים על התנהלות קק"ל בשנים 2014–2017 מצאה פגמים מהותיים בהתנהלות הארגון ובפרט העברות כספים לגופים פוליטיים שמבחינת חומרתם "הם היו עשויים לבסס עילת פירוק של קק"ל". כך הועברו חצי מיליארד שקלים למוסדות הקשורים בהסתדרות הציונית מהלך שקיבל אישור הדירקטוריון רק לאחר חתימת ההסכם כך שלחברי הדירקטוריון לא התאפשר להפעיל שיקול דעת בעניין. על פי הדוח הועסקו בקק"ל במישרין או באמצעות חברות כוח אדם מקורבים של דני עטר ושל נושאי משרה אחרים[60].
באוגוסט 2024 הודיעה ממשלת קנדה כי היא מבטלת את מעמדה של קרן קיימת לישראל קנדה כעמותה פטורה ממס, עקב תמיכה בתשתיות צבאיות בישראל ועקב פעילות הארגון לקידום התנחלויות[62][63].
בול לכבוד 50 שנים לקרן קיימת לישראל, מודבקת עלתעודת מעבר (כיתה) בבית ספר תחכמוני בשנת 1951במלאת 50 שנה לקרן הקיימת לישראל הונצח האירוע בסדרה מיוחדת של 3 בולי מזכרת ; ב-24 ביוני1951, הנפיק דאר ישראל 3 בולי יובל לקק"ל שעל כל אחד מהם ציור סמלי אחר: (א) בול בצבע ירוק שעליו מופיע אילן בעל 50 עלים; (ב) בול בצבע חום אדמדם שעליו טרקטור וישוב עברי; שני הבולים האלה עוצבו על ידי האמן אוטה וליש; (ג) בול בצבע כחול, בסגנון שונה, שעליו מופיעים מחרשה וסוסים על רקע התווית הראשונה שהוצאה על ידי קק"ל. על השובל הופיעה כיתובית " והארץ לא תמכר לצמתת..." (ספר ויקרא כ"ה, פסוק כג). האמן וילי-וולף וינד-סטרוסקי עיצב את הבול. מכירת סדרת בולי היובל נמשכה כשנה אחת[64].
במלאת 100 שנה לקק"ל הנפיק דאר ישראל שוב בול דאר מיוחד להנצחת האירוע. הבול הופיע ב-3 בספטמבר2001 ועליו ציור של אדמה, צמחייה, מים. האמנית מירי סופר עיצבה את הבול. דאר ישראל מכר כ־987,000 בולים מבול זה במשך שנתיים ו-7 חודשים עד להפסקת מכירתו[65].
ויקטור הרצברג, ההתיישבות האובדת במשפט, הוצאת פוקוס על, 2001
יוסי כץ, רכוש שנשכח: לגורל רכושם של קורבנות השואה המצוי בישראל, הוצאת יד ושם, ירושלים 2000.
יוסי כץ, והארץ לא תימכר לצמיתות: מורשת קרן קיימת לישראל והחלת עקרונותיה בחקיקה בישראל, הוצאת המכון לחקר תולדות קרן קיימת לישראל, ירושלים, הקתדרה ללימודי תולדות קרן קיימת לישראל ומפעליה, אוניברסיטת בר-אילן, תשס"ב[67]
צבי שילוני, הקרן הקיימת לישראל וההתיישבות הציונית 1914-1903, ירושלים: הוצאת יד יצחק בן-צבי, ירושלים, 1990[68]
דותן גורן, תרומתה של קרן קיימת לישראל לפיתוח הנגב: עבר, הווה ועתיד, ירושלים 2007
שוש סיטון, חינוך ברוח המולדת - התוכנית החינוכית של מועצת המורים למען הקק"ל (1953-1925), בתוך דור לדור - קבצים לחקר ולתיעוד תולדות החינוך היהודי בישראל ובתפוצות, כרך י"ד, ה'תשנ"ט, 1998, אוניברסיטת תל אביב
^בין הפרויקטים: גן בוטני ים תיכוני בעכו, פארק אקליפטוס בבית שאן, פארק רבין במגדל העמק, פארק מטרופוליני עמק רפאים בירושלים, האגם בפארק בן-גוריון בדימונה, פארק חורש בקריית עקרון, גן הבנים בצפת, פארק האלון בנצרת עילית.